Zwischen Sezierung und Verbot
Paracelsus wohnt mit seinem besten Freund Caspar in einer Studentenunterkunft in Basel. Mit der Erlaubnis des noch amtierenden Bischofs sezieren die beiden Leichen, um der unsterblichen Seele auf die Spur zu kommen. Doch dann teilt ihm Jacob Göttisheim, der Dekan der medizinischen Fakultät, mit, dass der neue Fürstbischof Philipp von Gundelsheim ihre Studien verbieten wird. Dieser sieht darin eine „ketzerische Arbeit“, zumal chirurgische Eingriffe den Badern vorbehalten sind.
Der Medizinstudent Martin Clauberg unterstützt den neuen Bischof und prophezeit, dass dieser den jüdischen Dekan Jacob Göttisheim vertreiben werde. Daraufhin gerät Paracelsus mit seinem Widersacher in einen heftigen Streit und wird schließlich von Steffan von Bärenfels bewusstlos geschlagen.